新生儿外科成立于上个世纪八十年代，现国家临床重点专科。目前在珠江新城院区、人民中路儿童院区、增城院区三个院区共设四个病区，拥有专科床位80余张。每年收治来自全国各地患儿超过2000例，开展专科手术超1200台。专科规模及临床、科研水平位居全国前列，并与美国波士顿儿童医院、德州儿童医院有长期合作交流。
新生儿外科监护室（SNICU）成立2014年10月28日，为全国首个独立开设的新生儿外科重症监护病房。SNICU目前开放住院床位32张，为全封闭式管理病房，由经验丰富的重症专业医生及新生儿外科医生共同管理。监护室内恒温控制，配有新生儿多功能辐射台、新生儿培养箱、监护仪、多种模式呼吸机及ECMO等先进设备，为危重症新生儿外科患儿的诊治保驾护航。
