新生儿外科成立于上个世纪八十年代，现国家临床重点专科。目前在珠江新城院区、人民中路儿童院区、增城院区三个院区共设四个病区，拥有专科床位80余张。每年收治来自全国各地患儿超过2000例，开展专科手术超1200台。专科规模及临床、科研水平位居全国前列，并与美国波士顿儿童医院、德州儿童医院有长期合作交流。

新生儿外科监护室（SNICU）成立2014年10月28日，为全国首个独立开设的新生儿外科重症监护病房。SNICU目前开放住院床位32张，为全封闭式管理病房，由经验丰富的重症专业医生及新生儿外科医生共同管理。监护室内恒温控制，配有新生儿多功能辐射台、新生儿培养箱、监护仪、多种模式呼吸机及ECMO等先进设备，为危重症新生儿外科患儿的诊治保驾护航。

各种常见及复杂儿童、新生儿外科疾病，如：

1. 胸部疾病（先天性肺囊腺瘤、隔离肺、先天性膈疝及膈膨升、乳糜胸等）；

2. 消化道疾病（食管闭锁及气管食管瘘、肥厚性幽门狭窄、肠闭锁及胎粪性肠梗阻、肠旋转不良、先天性巨结肠、肛门直肠畸形、胆道闭锁、胆总管囊肿、消化道重复畸形、新生儿坏死性小肠结肠炎、短肠综合征、乳糜腹等）；

3. 腹壁疾病（腹股沟斜疝及鞘膜积液、脐膨出、腹裂、连体婴儿等）；

4. 新生儿肿瘤（畸胎瘤、卵巢囊肿、神经母细胞瘤、中胚叶肾瘤、血管瘤及淋巴管畸形等）；

5. 其他疾病（梨状窝囊肿、蜂窝织炎等）。