广州医科大学附属妇女儿童医疗中心心脏中心的前身是广州市儿童医院心血管专科，始建于1984年，是国内较早成立的儿科心血管专业科室之一。2008年4月整合为多学科协作的“心脏中心”。其依托于国家儿童区域医疗中心（中南），是国家临床重点专科、广州市高水平临床重点专科，专业实力雄厚，服务范围覆盖全国23个省市，深受信赖。

当前，中心已形成产前诊断和咨询-心血管专科和先天性心脏病门诊-心血管病房-心脏影像诊断-手术-术后重症监护-出院随访的一体化诊疗体系，多个亚专业引领行业发展，并成为首批国家胎儿心脏病母胎医学一体化管理建设单位。

每年开展小儿心脏外科手术1100余例，介入手术600余例，手术例数、难度均稳居全国儿童医院系统前三，手术成功率达98%以上。开展多项广州市临床重大技术项目，创新性完成无管道改良Ross手术，解决小儿Ross术后再手术的技术难题；开展PA/VSD/MAPCAs 综合治疗例数及效果全国第一，手术治疗成功率达到世界先进水平，获“广州市重大临床医疗成果”；在国内率先开展了非体外循环下气管滑动成形手术，手术数量位居全国前列；在省内较早开展小儿经胸微创房/室间隔缺损封堵术、小儿胸腔镜体外循环手术；积极开展儿童机器人体外循环手术，为患者提供更多的治疗选择；完成移植手术17例，成功率88.2%，全国儿童医院排名前列。2009年开始积极与7家基金会开展合作，提供基金资助年均约800万元，每年约有400余名患儿受惠，切实充分展现社会责任担当。