肝胆外科：
广州医科大学附属妇女儿童医疗中心肝胆外科是小儿外科的亚专科之一，是全国重点专科，广州医科大学小儿外科学博士硕士招生学科，多次在广东省最强科室的评选中被评为最强肝胆外科。
科室在小儿普外及肝胆外科方面有较强的技术优势，在小儿腹腔镜微创外科及门静脉高压症诊治领域达到国内先进水平。科室目前是国内最大的小儿门静脉高压治疗中心之一，是“亚太门静脉高压联盟（APPHA）”理事单位，科室整合医院急诊科、介入科、影像科、消化内科、ICU及病理科等多学科资源，形成了该疾病的“一站式治疗服务模式”，全方位地保障了病人的安全以及诊断、治疗、随访的连续性。到目前，科室共收治来自全国25个省市的门静脉高压症200余例，Rex手术成功率达到97%，和国际先进水平保持同步。
胃肠外科：
广州妇儿中心小儿普外胃肠外科是妇儿中心普外科的“发源地”，历史悠久、底蕴深厚。是国内儿童医院中少数具有胃肠外科独立建制的科室，是妇儿中心小儿外科国家临床重点专科、广东省重点科室和广州市重点学科的重要组成部分，影响力辐射全国；在儿童微创与精准手术领域成果斐然，在儿童普通外科疾病，尤其是先天性巨结肠等疾病的诊疗技术上处于国内领先地位。
